特殊工时制度可以约定，但是最终有效需要劳动行政部门的批复。
（一）《劳动合同法》第十七条规定，劳动合同应当具备以下条款：
1、用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人;
2、劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号;
3、劳动合同期限;
4、工作内容和工作地点;
5、工作时间和休息休假;
6、劳动报酬;
7、社会保险;
8、劳动保护、劳动条件和职业危害防护;
9、法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。
劳动合同除前款规定的必备条款外，用人单位与劳动者可以约定试用期、培训、保守秘密、补充保险和福利待遇等其他事项。而劳动时间怎样安排，就涉及单位实施的是何种工时制度。
（二）实施不定时或综合计算等特殊工时，是需要经过劳动部门行政审批的，然实践中，不少用人单位未申请过综合计算工时或不定时工时，就擅自实施起来，理由是合同当中有约定。有的虽有批复但已经过期。还有些用人单位虽在与劳动者签订的劳动合同中约定实行标准工时，但在签订劳动合同后获得了劳动行政部门的许可，同意其在相关岗位实行不定时工时或综合计算工时制，而用人单位与劳动者并未对劳动合同中约定的工时制度进行变更。这些做法确实引发了一些矛盾，那特殊工时制的约定与劳动行政部门批复之间的关系如何，在执行时以约定为准还是以批复为准呢?
（三）若要对劳动者所在岗位施行特殊工时制，需要同时满足两大要件：第一，得到劳动行政部门的批复;第二，劳资双方约定明确。也就是说，如果仅有劳资双方在劳动合同中约定实行特殊工时制，但未获得劳动行政部门的行政审批，是不能对劳动者实行不定时工时制的。如果劳动者所在岗位得到劳动行政部门关于不定时工时制的批准。如果单位确有审批手续，但在劳动合同中约定实行标准工时，我认为还是应按标准工时执行。